یکی از نکات مهم و ناگفته در مورد نقش دانشگاه تبریز در نهضت عظیم انقلاب اسلامی مردم ایران در سال ۱۳۵۷،استعفای دکترمنوچهرمرتضوی؛رئیس وقت دانشگاه تبریز در اعتراض به عملکرد وحشیانه رژیم شاه در کشتار دانشجویان بی گناه این دانشگاه است.تبیین مواضع انقلابی دکتر منوچهرمرتضوی و حمایت بی دریغ وی از جنبش دانشجویی و حرکت اسلامی استادان و کارکنان دانشگاه تبریز در مبارزه با سیاست های ضد مردمی رژیم پهلوی مقوله ای ناشکافته است که ضروری است در سالگرد ایام پیروزی انقلاب درباره آن سخن گفت. پدر بزرگوار ایشان مرحوم حاج سید ابراهیم مرتضوی نیزازجمله مبارزان مسلمان و میهن دوستی بود که در زمان اشغال آذربایجان توسط نیروهای بیگانه گرا در دهه بیست شمسی،در راه وطن تلاش می نمود. مرحوم استاداسماعیل رفیعیان درخاطرات خودمی نویسد: استاد مرتضوی سال ها پیش از انقلاب اسلامی و در جریان حادثه سی ام تیر۱۳۳۲ و عقب نشینی محمدرضا شاه پهلوی در برابر آزادی خواهان، به عنوان نخستین سخنران پس از پیروزی مردم بر شاه، در رادیو تهران به بیان نقطه نظرات خویش پرداخت و به سیاست های خفقان آمیز رژیم پهلوی اعتراض کرد. روابط ارباب و رعیتی در دهه ۳۰ و ۴۰ و قبل از آن، شیوه تولید در ایران بود. مالکان و فرزندان آنان با توسل به روش های غیرانسانی هر روز راه و طریق جدید برای استثمار بیشتر رعایا ابداع می کردند و حاصل دسترنج آنان را در کاباره های پاریس صرف می کردند. اما دکتر مرتضوی و والدش، رفتار انسانی با روستاییان داشتند و مردمان روستا، اورا«پدر معنوی» خویش می دانستند. ظاهرا در اوایل دهه ۳۰، به پیشنهاد دکتر منوچهر مرتضوی، پدرایشان، املاک زراعی خود را به روستاییان می بخشد و با سفر به منطقه هرزندات مرند، با روستاییان دیدار و گفت و گو می کند. در پی قیام بزرگ مردم تبریز در ۲۹ بهمن ۵۶، سرسپردگان رژیم شاه با تاسی از محمدرضا پهلوی در رسانه های گروهی اعلام کردند که این قیام توسط عناصر بیگانه و خارج از مرزها ساماندهی شده است و حتی برای خنثی کردن آثار این قیام مردمی، نمایشی از تظاهرات در مقابل بانک ملی تبریز به راه انداختند. براساس اسناد بر جای مانده،دکتر منوچهر مرتضوی که از اهانت سرسپردگان رژیم به مردم انقلابی آذربایجان و تبریز به خشم آمده بود، در پی فرصتی می گشت تا پاسخ جمشید آموزگار در سخنرانی بانک ملی تبریز را بدهد و ظاهرا این فرصت طی یک جلسه در استانداری آذربایجان به دست آمد و دکتر مرتضوی به عنوان رئیس دانشگاه تبریز لب به سخن گشود و ضمن ارائه تحلیلی از شرایط کشور گفت: «مگر آذربایجانی جماعت و مردانی که در دامنه کوه های سر به فلک کشیده سبلان، سهند و میشو پرورش یافته اند،اجازه می دهند بیگانگان به وطن آنان راه یافته و چنین اقداماتی انجام دهند». در پی این سخنرانی انقلابی و آتشین، مشاوران آموزگار، پیشنهاد برکنای دکتر مرتضوی از ریاست دانشگاه تبریز را می دهند که نظر به محبوبیت ویژه و اشتهار وی، حکومت وقت از برکناری استاد امتناع می کند؛ اما به شدت دکتر مرتضوی و نزدیکان او را زیر نظر می گیرد. به گواهی اسناد برجای مانده، در پی تصدّی ریاست دانشگاه تبریز توسط دکتر منوچهر مرتضوی، روند جریانات و مبارزات انقلابی علیه رژیم پهلوی وارد مرحله نویتی شد و این حرکت (جنبش دانشجویی تبریز) شتاب بیشتری گرفت به گونه ای که آثار آن در سطح شهر نیز کاملا محسوس و مشهود بود. اردیبهشت ۵۷ یکی از تاریخی ترین ایّام در تقویم مبارزاتی «جنبش دانشجویی تبریز» است که بدون تردید نمی توان نقش بارز دکتر مرتضوی را در آن نادیده گرفت. در پی حرکت اعتراض آمیز دانشجویان دانشگاه تبریز، عوامل رژیم برای سرکوب این حرکت وارد محوطه دانشگاه شدند. این تظاهرات گسترش یافت و در نتیجه آن دو تن از دانشجویان شهید و تعدادی نیز به شدت مجروح شدند. دکتر منوچهر مرتضوی که از این اقدام وحشیانه به شدت عصبانی شده بود، به برقراری ارتباط با مسئولان کشور و هشدار به ایشان می پردازد. در این هنگام ساواک با نفوذ در داخل دانشگاه، تلفن های حوزه ریاست دانشگاه تبریز را قطع می کند. دکتر رفیعیان از دوستان نزدیک مرحوم مرتضوی در خاطرات خود می نویسد: «اینجانب به هنگام خروج از حوزه ریاست، مراتب را به استاد اطلاع دادم؛ ایشان در حالی که فریاد می زدند «دانشجو را کشتند...»؛ از استاندار آذربایجان، ارتشبد جعفر شفقت می خواهد که سریعا به دانشگاه تبریز بیاید و صحنه کشتار دانشجویان را از نزدیک ببیند».استاد مرتضوی پس از بازدید و مؤاخذه استاندار، با دربار تماس می گیرد و ضمن تشریح اوضاع، مجازات عاملان را خواستار می شود و در پی بی توجهی ساواک و دربار به خواسته های دکتر مرتضوی در خصوص مجازات عاملان و آمران حمله گارد به داخل دانشگاه، استاد در یک حرکت تاریخی و ماندگار استعفا می دهد و موج استعفای رؤسای دانشگاه ها را در کشور به راه می اندازد. به گواهی کارکنان، دانشجویان و استادانی که در زمان ریاست دکتر مرتضوی در دانشگاه تبریز بودند، با حضور ایشان فیلم های پخش شده در سینمای دانشگاه، سمت و سوی انقلابی و استبداد ستیزی گرفت. انجمن های صنفی دانشجویی تقویت شد و در حالی که اخراج دانشجویان در دیگر دانشگاه ها رشد داشت، استاد مرتضوی از اخراج حتی یک دانشجو نیز جلوگیری کرد. در حالی که آن زمان، همکاری با آمریکاییان مایه مباهات جامعه دانشگاهی قلمداد می شد، دکتر مرتضوی در اقدامی انقلابی، همکاری دانشگاه تبریز با ایالات متحده آمریکا را به حالت تعلیق درآورد. دکتر منوچهر مرتضوی اگر چه در سال های پایانی عمر گوشه عزلت گزید و آفتاب وجودش را از ارادتمندان دریغ داشت، اما از فعالیت های علمی و تتبعات ادبی باز نایستاد. در سال ۱۳۸۰ خورشیدی، جمعی از دوستان و ارادتمندان ایشان،در بنیاد فرهنگی و خیریه نیمه شعبان مسجد آیت الله انگجی تبریز، به منظور استفاده از نظرات ایشان درباره «طرح جمع آوری شرح حال مؤلفان امامیه» به محضر پرفیض دکتر مرتضوی شرفیاب می شوند. ظاهرا مجمع الفکرالاسلامی قم به منظور تدوین دایره المعارفی در مورد نگارش شرح حال مؤلفان امامیه، طرحی موسوم به «معجم المؤلفی الامامیه» را بنیاد نهاده بود و دکتر مرتضوی پس از اطلاع از اینکه پیشنهاد اولیه این طرح از سوی مقام معظم رهبری حضرت آیت الله خامنه ای بوده است، از طرح مذکور بسیار استقبال کرده و اعلام نموده که آماده هرگونه همکاری درباره این مسئله است. در این دیدار و در ضمن بحث، صحبت از دامنه فضل و دانش ادبی مقام معظم رهبری می شود و دکتر مرتضوی ضمن تمجید و تجلیل از حضرت آیت الله خامنه ای، ایشان را یکی از حافظ شناسان کم نظیر دوره معاصر دانسته و بر قوه خطابه و بیان مقام معظم رهبری تاکید می کنند. اسناد موجود در این بنیاد فرهنگی تبریز نشان می دهد دکترمرتضوی در طرح مقام معظم رهبری در مورد جمع آوری شرح حال مولفان امامیه همکاری ارزنده ای داشته است.